Fue fundado el 1 de mayo de 1925 en la ciudad de Guayaquil por un grupo de jóvenes del Barrio del Astillero, conocidos como La Gallada de la Modelo, que se reunieron en la casa del catalán Eutimio Pérez para formar un club deportivo multidisciplinario y a su vez decidir su directorio. De esta manera, el ecuatoriano Carlos García Ríos se convertiría en el primer presidente de la institución y el catalán Onofre Castells Dragó en el primer presidente honorario.
Entre los miembros fundadores están los españoles: Eutimio Pérez Arumí, Valentín Sala Piqué, los hermanos Artur y Joan Domènech y Marc y Pere Castells; y los ecuatorianos Josep Salém Dibo (de padres catalanes), Arturo Calderón, Luis Rodríguez, Carlos García Vergara, Víctor Olvera, Rigoberto Aguirre, Alberto Pombar, Guillermo de la Cuadra y, el más joven de la directiva, Victoriano Arteaga Martinetti, con solo 14 años de edad.
Ver esta publicación en Instagram
El primer técnico del Barcelona fue el español Eutimio Pérez, quién fue también uno de sus fundadores. A partir de allí vinieron varios técnicos del equipo en campeonatos provinciales, donde destacan Gregorio Esperón, quien conseguiría el primer título amateur del club, y Eduardo Spandre, quien conseguiría el primer título profesional provincial del equipo. Después de varios años, con la creación del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol, el equipo consiguió su primer título de campeón nacional dirigido por Julio Kellman de nacionalidad uruguaya en 1960.
El cuadro amarillo es el más veces campeón nacional del Ecuador, con su primer título en 1960, siguiendo en 1963, 1966, 1970, 1971, 1980, 1981, 1985, 1987, 1989, 1991, 1995, 1997, 2012, 2016 y 2020.
Ha disputado dos finales de América en 1990 y 1998. Además de jugar dos semifinales de la Copa Libertadores, contando la última en la temporada 2021. (D)